O Mestrado em Engenharia Química centra-se no desenvolvimento de conhecimentos avançados ao nível da otimização e integração de processos, reatores químicos, termodinâmica aplicada, processos biológicos e fenómenos de transporte, conferindo aos diplomados as competências técnicas e científicas adequadas. Para além de um conjunto de Unidades Curriculares estruturantes que vão das Ciências da Engenharia, Materiais e Aplicações, Bioindústrias, Fenómenos de Transferência, Reatores Químicos e Processos de Separação, divide-se em três Áreas de Especialidade – Ambiente, Qualidade e Energia e Biorrefinaria. Os estudantes têm ainda à sua disposição duas Unidades Curriculares Optativas de um conjunto de oito onde poderão encontrar, a título de exemplo, Competências Transversais, Iniciação à Investigação Científica, Gestão e Liderança Industriais. Ao longo de quatro semestres, os mestrandos interagem com grupos e projetos de investigação e abordam estudos de caso reais para desenvolverem capacidades multidimensionais de análise, planeamento e implementação de novas tecnologias na resolução de problemas.

Os diplomados devem possuir capacidade de planear e conduzir experiências, analisar e interpretar resultados, projetar um sistema ou um processo para atingir determinada necessidade com constrangimentos realísticos (económicos, ambientais, sociais, de saúde, de segurança e de sustentabilidade). Devem demonstrar as competências adquiridas para identificar, equacionar e resolver problemas complexos de engenharia química e devem saber colaborar no desenvolvimento e na aplicação de novos produtos e de novos processos.